Inicia les activitats com a concertista de marimba l’any 1989, i des de llavors ha participat a quantitat d’enregistraments, concerts i gires arreu del món.

A partir del mes de Juny del 1992, ha compaginat els concerts amb classes magistrals de Marimba Mexicana a Universitats dels Estats Units.

Des de 1993, forma part del “Programa Nacional de Apoyo a la Música

Popular”, del “Consejo Nacional para la Cultura y las Artes de México”, organisme pel qual ofereix cursos i tallers de marimba.

Ha combinat els recitals de caire popular amb els de música clásica adaptada a la marimba.

Entre els enregistraments fets per Javier Nandayapa podem destacar: Un amb l’Orquestra Simfònica d’Aguascalientes, un altre amb el grup “ONIX”, setze enregistraments amb el seu grup “Marimba Nandayapa”, un en solitari, un amb el flautista Enrique Ulloa amb música d’Astor Piazzolla i fa poc ha presentat un disc que amb el títol "Alas de Mariposa" ha realitzat al costat de diversos artistes i música original de Jesús Martínez.

L’any 1999, publicà, amb el percussionista Israel Moreno, un Mètode Didàctic per a Marimba mexicana.

Com a solista ha participat a quasi bé tots els festivals de percussió arreu del món.